Linux: o que dizer...

Quanto a mercado...
O linux é bem inferior à microsoft, mas quando se fala em segurança o linux é bem superior.
Fazendo uma comparação meio que por cima...
A microsoft foca um pouco em segurança, mas o que é fácil de se perceber é que de uma versão para outra o que difere não é tanto a questão da segurança e sim a aparência! Um exemplo é a diferença notável do windows Xp para o seven.Obviamente a questão da segurança muda, mas o que muda mesmo é a aparencia não tem jeito.

O linux mesmo sendo muito criticado é muito utíl para técnicos em informática por exemplo.

Um exemplo muito utíl de utilidade do linux mesmo que para pessoas que preferem à microsoft é quando o pc acaba tendo problemas e por "problemas" o sistema operacional acaba não iniciando mais.O jeito seria formatar e instalar o sistema novamente! Mas como salvar seus documentos? É ai que entra o linux! Existem algumas versões como o Ubunto que possui uma opção para emular o sistema. Assim você não vai instalar o sistema, mas vai poder iniciar e posteriormente localizar os arquivos e copiá-los para um disco removível por exemplo.
Olha...
Não teria como dizer o que é melhor!
Cada um tem seus pontos fortes e fracos!

Eu uso o windows seven, mas uso o linux frequentemente para fazer backup de arquivos em outras máquinas!
Vai de cada um ver o que vai fazer e consequentemente escolher seu sistema operacional.